崇祯接下来的事情很多，首先要做的事情是祭拜孝陵，崇祯在孝陵前痛哭流涕，向明太祖请罪，再次正式下了一道罪己诏。祭拜过孝陵之后，就正式以大仪仗进入皇宫，并在奉天殿登基，不过不需要登基大典，他本来就是皇帝，只要正式宣布，京城从北京搬到南京就好了，然后正式在南京的龙椅上坐下。
之后比较头疼的是人事安排，崇祯南下，带回来的文官只有史可法、孙传庭、路振飞等寥寥几人，加上反正的钱谦益，从家中来投奔的卢象升等人之外，文官就没几个人了，内阁和六部都组不全，更不要说下面的各司了。
之前福王登基时候用的那些官员，目前头上还戴着从逆罪名，需要经过审讯和审判，确定没有从逆的才能用。
卢九德是太监，自然不能交给三司会审了，而是直接交给司礼秉笔太监、东厂厂督王承恩和陪伴了崇祯多年的司礼监掌印太监曹化淳处理。
曹化淳和王承恩经过了统一意见之后，直接令人把卢九德拖出去乱棍打死。
另外一个太监犯了罪的太监韩赞周，好容易留下了一条命，但是所有家产被抄家充公，并被赶去凤阳打扫皇陵。
对于朝中官员和勋贵的审判，交由三司会审，勋贵之首魏国公徐久爵，因为不是从逆主犯，而且是被马士英、赵之龙等人胁迫，被迫从逆，所以只是削去魏国公爵位，魏国公一族废为庶民，抄没全部家产，包括国公府、府内所有金银财宝，还有魏国公名下的田产、店铺、作坊、赌场等全部没收充公，家人也全部废为庶民，从此不再有魏国公勋爵。
伪忻城侯赵之龙和伪诚意侯刘孔昭全部削去爵位，鉴于两人已经逃走，家人全部下狱，抄没全部家产，经过三司会审，赵之龙和刘孔昭九族之内十六岁以上男丁全部问斩，十六岁以下男丁充入奴籍，流放琼州，女眷充入教坊司。
伪郑国公常延龄，削去郑国公勋爵，因为常延龄是被胁迫从逆，并无多少罪行，因此从怀远侯降为怀远伯，没收半数家产。
马士英已死，抄没家产，三族家中十六岁以上男丁问斩，十六岁以下男丁充入奴籍，流放琼州，女眷充入教坊司。
这时候有言官站出来弹劾李国栋，说他纵容手下人，私自接走犯官马士英女儿，使二女逃避惩罚。
李国栋反驳道“李某早已奏报陛下，此二女赏给李某麾下有功之将为妾，那两员将领都是流贼出身。若是张御史觉得，把女儿给流贼出身的武夫为妾还不算惩罚的话，那御史您也可以把你的女儿给我们的有功之将为妾。”
“粗鄙武夫！厚颜无耻！”那御史被气得满脸通红，让他女儿给一名流贼出身的武将为妾，那真是败坏了士子的名声。
伪弘光朝大学生王铎，原本是崇祯朝老臣，因为被胁迫从逆，所以只是削去官职，罚没半数家产。
伪弘光朝礼部尚书姜日广，削去官职，抄没全部家产。
其余的各从逆之人，都得到了相应的惩罚，没有从逆的官员被放了出来，但还没有官复原职，而是等待朝廷安排，再授予相应的官职，可能有些人会升官，有些人降职，目前南京人手不足，需要先把六部的框架搭起来，再逐一安排。六部框架搭起来之后，下面的官员由各部尚书和侍郎来推荐。
三司会审结束之后，该杀的杀，该流放的流放，该撤职的撤职，几千颗人头落地，福王马士英谋逆案总算宣告结束。
在张书恒调查朱由枢、马士英谋逆案期间，南京和南京周围不少士绅也被锦衣卫抄了家，借口都是从逆。这其中大部分人是无辜的，经过三司会审之后释放，但是他们已经被锦衣卫刮走了大量银子。
接下来就是对内阁的任命，史可法被任命为兵部尚书、东阁大学士，内阁首辅；钱谦益被任命为武英殿大学士，吏部尚书，内阁次辅；卢象升被任命为左都御史，文渊殿大学士，内阁次辅。这样内阁就组建起来了。接下来是六部，张慎言为礼部尚书，从监狱里释放出来的何应瑞官复原职，担任工部尚书，李国栋推荐了孙元化的长子孙和鼎为工部左侍郎，宋应星为工部右侍郎，孙和鼎和宋应星都是实干的科学家，任命他们为工部左右侍郎有利于大明科技的提升。
虽然李国栋推荐了两个只有举人功名的人担任侍郎，遭到很多官员反对，但是崇祯顶着压力给准了，内阁的钱谦益和路振飞也通过了。