永历元年八月七日，联合舰队抵达镇江府焦山门，这里是京杭大运河与长江交汇处的点，在这个时代还是一个江心岛，其横亘在长江航道中，遮蔽了近半宽度，当年郑藩在此处挡住了高杰部的南撤大军，导致了高杰部这支南明最强军投降。
焦山门上有驻扎着四百多个绿营兵，但岛上没有什么像样的城防工事，海军陆战队一登陆，黑压压的上千人，航道中的战船又打了几轮空炮，焦山岛屿上的绿营兵就是投降了，海军在这里驻扎了一个大队的陆战队还有几门火炮，役使沿途俘虏的上千俘虏修造工事，也就如此了。焦山这个地方可不适合驻扎舰队，这座挡住航道的岛屿不仅让南北的水流湍急，还造成许多漩涡，如果风向不对，就算是划桨船一起出动，也难以牵引大船过去。
驻扎兵马的意义是防备大运河与长江之间的瓜州渡的清军作祟。
联合舰队继续前进，在金山寺与焦山门之间航行非常顺利，抵达了金山这个另一个长江航道中间的岛屿，金山岛较小，上面有壮观的佛教寺庙，稍加改造就能成为简易的工事，这里控扼着京杭大运河南段的入江口。
在金山寺，联合舰队就此分兵，为了统一指挥，明军由沈廷扬、王之仁、张名振三人率领前往了鲁监国政权向往的南京城，而留下郑联的水师与海军一起封锁长江，而作为交换，海军支援了明军二十门十八磅重炮，都是主力舰上换下来的，还有一些寿命，用做攻城炮威力和精准也算可以，至少清军中，无一门大炮是十八磅炮的对手，他们的红夷大炮最大也不过十二磅炮，这些炮兵由张名振督领，而其中主要的军官和炮手要么在台湾受训要么就是海军的退役炮手。
明军继续溯长江而上，海军却是展开了对镇江府的进攻，海军陆战队一个营（欠一个大队），一个炮兵营和两千名武装水手、桨手上岸，而之所以这么点兵力就敢进攻镇江，原因无他，镇江城墙距离长江航道很近，火炮可以直接攻击城墙。
镇江攻城战仅仅持续了半日，海军和炮兵营加起来上百门火炮攻击，一个比一个管子粗，一个比一个威力大，镇江城中仅有绿营和漕运总督三千多人，在城墙被轰塌的一瞬间就选择了投降。
即便是出身郑藩，郑联也没有见识过这么强大的火炮攻势，他没有选择再上岸，而是带着手下去了焦山门，派人上岸把瓜州渡给围成了水桶，把大船放了长江航道，率领小船和抢来的各类江船直接通过瓜州渡北上去了扬州方向，沿着运河像捋鸡肠子一样向北抢掠，沿途无论是漕运船还是商船、民船，统统抢来，被排挤在外的郑联反而在这场战争中赚的盆满钵满，一直到进入淮安府中被山东来的清军伏击才是退回。
当然类似的行动在合众国这边也有，海陆两军双面夹击，把江南段抢了个遍，当然，海陆两军仅夺官船，民船只要上缴部分军税便可以放行，但实际上，所获仍然丰厚，因为用商人买通漕运衙门，用漕船运私货非常普遍，这些自然也被充公了。
南京。
长江边，呜呜的号角声不断响起，八旗骑兵们在江岸边的堤坝上冲出，狠狠的冲击进了岸边明军的行列，这些甲兵多是白甲兵，身披挂铠甲，有些连战马也是具装，身甲胄强横，普通箭矢根本无法射穿，前线数百甲骑手持丈许长矛，宛若怪兽一般冲进阵列之中，把明军那稀疏的阵型冲的松散。
而甲骑身后则是千余弓骑兵，在明军阵列之外驰射，明军阵列很快崩溃，被逼的自相践踏，逃向江边，八旗骑兵见地面松软泥泞，纷纷下马，怪叫着提着刀矛冲杀，明军大溃，有人跪地求饶被清军砍下脑袋，而有人则冲进江水之中，饶是识得水性，却因为身披甲胄，江流湍急而多半丧命。
见跳水是死，很多明军逃回，却又被清军长矛刺穿，清军也是不下水追击，从马上解下鸟铳，不断装填射杀，江边浅滩之上到处都是尸体，鲜血淋漓。
巴山站在堤岸之上，看到大量尸体被江水冲走满意的点点头，啐了一口说道：“这些蛮子真是蠢，这点能耐也敢犯南京，可笑！”
周围的章京们跟着哈哈大笑起来，连连出言赞同。
清军南下占领江南后，大明两京制度就结束了，南京被改名为江宁，江宁作为清廷在江南的统治核心，最巅峰的时候驻军四万有奇，剃发令的颁布摧毁了南方传檄可定的大好局面，多铎收拾不得，多尔衮无奈派遣洪承畴南下，成为招抚南方总督军务大学士，敕便宜行事之权，虽然名头响亮，但也只是说的好听，其中‘禁止机密’之事都要与平南大将军，多尔衮的心腹勒克德浑商议。
虽然后世诸多小说演绎，以至于出现为笼络洪承畴，皇太极把大玉儿都赏给了洪承畴这等情节，但洪承畴并未受到什么重视，这个家伙一开始被编进了镶黄旗的包衣牛录，那是正经八百的包衣奴才，而且他所在的包衣牛录还是最低等的，用后世烂俗的清宫剧来说，那是辛者库贱奴，可谓是三等奴才，别说满蒙汉八旗的权贵，就连一些辽人也瞧不起洪承畴，毕竟人家投降早，是亲奴才，这也是吴胜兆一直不服洪承畴的原因。
这个三等奴才虽然如今成了汉官中的地位前三的存在，但根子上讲还是奴才，因为松锦会战中在洪承畴身上吃了亏，多尔衮对其观感也是不好，所以洪承畴的名头很响，但实权不大。
一直到勒克德浑前往湖广主持战局，洪承畴才算有了实权，如今南京官衔最大的巴山，也不过是个梅勒章京罢了。
洪承畴有了实权，但麾下兵马不多，江南的精兵不是支援去了湖广就是南下去了浙江，如今南京仅有巴山的两千满洲兵和江南提督张大猷麾下的四千绿营罢了，这点兵马可守不住南京，好在江南还散落了不少绿营，这些留守江南的绿营都是老弱，平日里都是欠饷，靠着做些小买卖维持生计，但总归还有些本事，只要给足了饷银，还是能守城的，而江南正是刚刚收了秋税漕粮，粮饷是不缺的，因此短短半个月，洪承畴调集了五千绿营进南京，又招募了不少乡勇。